В связи с образованием Биробиджанской епархии осенью 2002 года первый епископ Биробиджанский и Кульдурский Иосиф начал строительство каменного кафедрального собора г. Биробиджана во имя Благовещения Пресвятой Богородицы. Приход кафедрального собора создан и зарегистрирован в 2003 году. Мэрия города осуществила отвод под строительство собора участка земли в 9539 кв. м. Для содействия в строительстве собора был создан попечительский совет под председательством губернатора ЕАО Николая Михайловича Волкова.
Строительство было начато в апреле 2003 года: в день Пасхи Христовой 27 апреля к месту строительства храма был совершен крестный ход и отслужен молебен на начало строительства. 12 июля 2003 года в праздник святых первоверховных апостолов Петра и Павла, когда был закончен нулевой цикл, на месте строительства был совершен «чин бываемый при основании церкве и водружении креста». В основание восточной стены собора положены св. мощи благоверных князей Феодора и чад его Давида и Константина, Ярославских чудотворцев, и части гроба преподобномученицы Великой княгини Елисаветы Федоровны. 20 сентября 2004 года был совершен чин «на поставление крестов на верх крова новосозданныя церкве».
В нижней части собора расположен храм во имя святого апостола Иакова, брата Господня, первого епископа Иерусалимского (освящен великим чином 28 августа 2005 г. епископом Биробиджанским и Кульдурским Иосифом).
Главный престол во имя Благовещения Пресвятой Богородицы освящен великим чином по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II 21 сентября 2005 года постоянным членом Священного Синода митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием в сослужении архиепископа Хабаровского и Приамурского Марка и епископа Биробиджанского и Кульдурского Иосифа.
Для заказа экскурсий в Благовещенский кафедральный собор и обеда в трапезной Епархиального управления можно позвонить по телефону 8-800-101-28-51 или отправить письмо на бланке организации с подписью руководителя и печатью по электронной почте на адрес: birobidzhan@mpatriarchia.ru